В вашем случае я бы посоветовал для первого раза следующий набор (недели на 2 потянет, побольшей степени на авто):
Маршрут №1:
от о. Айя до Куюса, везде можно на авто проехать (на Аю не ездить, даже потраченных целых 15мин. там будет потом жалко).
Смотреть можно (стандартный набор) - о.Манжерок - Тавдинские пещеры, Бирюзовая катунь, Источник напротив - Усть-Сема, через мост, потом налево, там Катунские ванночки - Камышлинский водопад - потом до Чемала, там чемальская ГЭС, а дальше как бонусы:
- можно прокатиться до куюса, глянуть небольшие пещеры, мост через катунь (вернее что под ним), доехать до водопада за куюсом.
Маршрут №2: Усть-Сема - Ташанта (Чуйский тракт) : смотреть всё вокруг!
На данном маршруте можно посворачисвать :
В Акташе - на Улаган (смотреть Красные ворота, Мёртвые озёра, Улаганский перевал) - на десятке проедите!
Свернуть до Альп-лагеря как вам советовали ранее, но там на десятке не проедите, придётся пользовтаься услугами перевозчиков!
Маршрут №3: Усть-Сема - Усть-Кан - Усть-Кокса - Тюнгюр - к Белухе (В данном направлении есть участки без асфальта)
Маршрут №4: Гоно-Алтайск - озеро Телецкое (про это вы в курсе)
ИМХО, на Телецкое нужно съездить (я про север, на юг Вы врят ли проедите, разве что в сухую погоду и если машину не жалко), но 1 суток будет достаточно! И по мне так Алтай - Это за Семинским! (или за Чемалом)
Если время позволяет освойте за раз 1, 2 и 4 маршруты, с учётом езды от Омска - тыш на пять километров поездка!
Останавливаться на ночь советовал бы на Катуне в районе от о.Манжерок до Чемала, народу много, но места найти запросто! (практически везде платно, рублей на 300 потянет разбить палатку)
Можно для разнообразия несколько раз остановиться на т/б.
Если пойдёте за Семинский, то остановку можно сделать на самом семинском. (700р./чел), савдепия конечно, но душ , туалет, даже телевизор (кому он там нужен
) в наличии (ну и природа конечно!)
Да и карту Горного Алтая купите, процентов 70 вопросов отпадут!
Еще по достопримечательностям на маршуте, с\посмотрите сайт
www.panoramio.com , там карта со спутника и при продвижении слева фотки достопримечательностей есть!