В общем как вы поняли, каждый решает эту проблему сугубо индивидуально.
Распишем плюсы и минусы каждого случая:
1. Внешний HDD в собственном корпусе и БП
+: мобильность, высокая скорость замены, хороший температурный режим (обычно хорошая продуманая система охлаждения).
-: лишняя коробка на столе, более высокая (и достаточно значительно) цена.
2. Внешний HDD в корпусе третьего производителя.
+: мобильность, высокая скорость замены, цена меньше чем в первом решении.
-: лишняя коробка на столе, температурный режим сильно зависит от производителя "коробочки", хорошая коробка стоит даже больше самого HDD ;).
3. Вннутренний HDD.
+: Самая низкая цена решения, самая высокая скорость передачи (если конечно внешние HDD подключались по USB, а не по eSATA или что даже еще лучше по FireWire (IEEE1394) )
-: элементарно может не оказатся места в корзине, нагрузка на БП увеличивается примерно на 20 Ватт (сказки про 6 ватт это хорошо, но запуск жесткого диска на старте системы - это не тоже самое что и режим "покоя" а так же чтения/записи - токи выше, мощность требуемая выше). Температурный режим сильно зависит от корпуса и как близко "резервный" винт расположен от основного - системного, нет мобильности, низкая скорость замены - необходимость выключать и разбирать системный блок.
Вот, решаете что для вас важнее, а дельше уже голосуете кошельком