Открываем текст указа до изменений и читаем:
В ответ на: ...
2. Установить, что:
...
б) федеральное государственное унитарное предприятие "Российская телевизионная и радиовещательная сеть":
...
осуществляет объединение (формирование) цифровых сигналов вещателей в единый цифровой телевизионный сигнал для эфирной цифровой наземной трансляции общероссийских обязательных общедоступных телеканалов, а также региональных телеканалов в конкретной зоне вещания;
...
г) эфирная цифровая наземная трансляция общероссийских обязательных общедоступных телеканалов осуществляется с использованием в каждой конкретной зоне вещания одного радиочастотного канала, который может использоваться федеральным государственным унитарным предприятием "Российская телевизионная и радиовещательная сеть" также для эфирной цифровой наземной трансляции региональных телеканалов.
Так вот выделенное полужирным -- убрали.
Но добавили в перечень под № 10 ТВЦ и ещё:
В ответ на: 2. Установить, что:

а) федеральное государственное унитарное предприятие «Всероссийская государственная телевизионная и радиовещательная компания»:

осуществляет создание и выпуск регионального общедоступного телеканала в каждом субъекте Российской Федерации;


имеет право привлекать региональные и муниципальные организации телерадиовещания, а также редакции региональных и муниципальных телеканалов (телепрограмм) к созданию региональных общедоступных телеканалов в субъектах Российской Федерации;

б) федеральное государственное унитарное предприятие «Российская телевизионная и радиовещательная сеть» осуществляет в установленном порядке на территориях соответствующих субъектов Российской Федерации эфирную цифровую наземную трансляцию создаваемых и выпускаемых в соответствии с настоящим пунктом региональных общедоступных телеканалов в составе региональных мультиплексов.

3. Правительству Российской Федерации обеспечить осуществление лицензирования телевизионного вещания и проведение иных необходимых мероприятий по распространению и трансляции региональных мультиплексов в субъектах Российской Федерации.
Так что у меня большое подозрение, что не ОТС будет региональным телеканалом, а ГТРК "Новосибирск". ОТС или МУ ИА "Новосибирск" они вряд ли "привлекут" (второй абзац пункта а) -- зачем они им? Ну и транслировать его будет РТРС. Или теперь уже я неправильно понял текст указа?

Что касается вашего предположения, думаю, что оно верное: региональный канал из "первого мультиплекса" убирают и в каждом субъекте формируют свой "региональный мультиплекс", в котором и будет местная ГТРК в качестве регионального канала. Непонятно, правда, будет ли этот региональный мультиплекс общедоступным (в этом субъекте).