Корневой диск и все его содержимое видно программам под wine как z:\ Они могут писать там до тех пор, пока это позволено пользователю, запустившему wine. То есть, если вирус будет пытаться полезть к этим директориям, то в домашней директории он точно может что-то сделать, с системными -- ничего.
Другой вопрос -- что этот вирус делает. Если попытается прописаться в файл z:\Windows\.... то, естественно, ничего там не найдет. Но если он будет удалять все, что сможет, то вашей домашней директории может придти конец.
Как видны ваши системные файлы под wine, можно посмотреть, запустив программу winefile.

Это сообщение не направлено на оскорбление чувств верующих, неверующих, сексменьшинств, животных, разжигание межнациональной вражды и загрязнение природы.