>Если весь диск низкоуровнево отформатить?
Интересно, как ты собрался это делать? Да и зачем?
Чем тебя обычное форматирование не устривает?
Зачем вообще форматировать?
Скатай дистриб win98se на винт, загрузись по Command Prompt Only, запусти smartdrv, удали каталог виндов + каталог программс файлс (предварительно сохранив нужные для тебя данные). После завершения процесса удаления, запускай setup.exe из каталога дистрибутива.