Ну Дарвин же это первая попытка объяснить процесс усложнения.

Он считал, что это селекция на основе выживания наиболее приспособленных.

Нормальное первое приближение.

Да, факты позволяют усомниться в универсальности метода.

К тому же, наверное один самых значимых фактов состоит в том, что отбор сохраняет полиморфизм. То есть, считалось, что выживание наиболее приспособленных должно сохранять только лучшие сочетания аллелей генов. Вплоть до фиксации, как при селективном выведении пород животных.

Но оказалось, что в природе всё наоборот - огромное разнообразие генетических вариантов.

То есть - в природе сохраняется разнообразие информации!
И отбор этому способствует.
Что является аргументом в пользу экосистемного подхода.

К тому при помощи селекции, изоляции так и не удалось получить ни одного нового вида.

Ругать Дарвина это всё равно , что ругать когда-то господствовашие представления о теплороде как о носителе температуры. Кстати, молекулярно-кинетическая теория не такая уж древняя, а её автор Больцман покончил жизнь самоубийством из-за насмешек.